日本語で考えて(←ここまでは良いのですが) 日本語(から/に)直訳しようとするから、こんがらがって間違えてしまうのです。 「いや、いるよ」というのは、「いる」んだから《肯定》ですよね。 (「いない」というのが《否定》です） だから、 Sì(←肯定です), ci sono(「います」という肯定ですね). 文全体が「はい」「いいえ」なのかを考えるのではなく、 文全体が「肯定(います)」か「否定(いません)」なのかで表現します。 ご心配なく。始めのうちは混乱しますが、すぐ慣れます。