鋼の錬金術師の最後のほうで結局エドはなにを交換してアルの体を戻したんですか？...

自分の中にある真理、つまりは錬金術を捨てることによってアルを戻しました。
真理＝エドの錬金術の能力と考えてもいいと思います。

誰もが持ってる錬金術の能力ですね。

ハガレンは、注目していなかったので、所々をすっ飛ばして、最近、最終巻を読みました。＾＾；

ようは、あの扉・・・みたいですね。

その後、錬金術を使えなくなったようなので、、、、
超個人的には、錬金術を支えにしてきたエドが、それを捨てる事が、一つの真理だったのかなー？と。
もちろん、その場合、真理は人それぞれ。

そうなると、目のつぶれたあんちゃんが、「目を治すためには、同じようにすればいいけど、帰りの通行料だけなので、目が治せない。」って、言ってたけど、その理論が違って来ちゃいますねー。＾＾；
まぁ、作者は神の視点だけど、キャラクターが勘違いする事はよくある事・・・だけど、最終話でそれはないか。

それに、錬丹術は、使える可能性が出てくるのも、私の回答ではすっきりしない点ですかね。

でも、真理の扉って、等価交換なんですかねー？
それとも、正解したご褒美？
そのご褒美は、等価交換に値する物なのか？
それとも、奇跡を起こしてくれた・・・とか、少年誌にありがちな話なんでしょうか？

等価交換にこだわってきただけに、エセ科学ならエセ科学を貫いて欲しかった。
個人的には、ちょっと残念な終わり方でした。

たとえば、パパンの遺伝子から、息子を～みたいな展開で、それは真理くんも知らない方法で、人間の科学時術を認める・・・・、それがご褒美・・・、みたいな展開の方が好きだったかも～。

エドがアルを取り戻す為に交換したものは自分の真理の扉です。(真理はその人間のすべての情報がつまったデータベースみたいなもの)
そしてこれが錬金術を使う源なので扉がないといくら錬金術の知識を持っていても錬金術(もちろん錬丹術も)は二度と使えません。
その後エドが西で身に付けた知識も錬金術や錬丹術で実践するのはアルだと荒川先生がインタビューで言っていました。

補足
この方法が使えたのは母親を錬成する際魂の情報として二人の血を混ぜたエルリック兄弟だけです。
それが原因で精神が混線し本来まったく別々の場所にあるはずの真理の扉が同じ場所にありました。
だからエドは自分の扉を失っても同じ場所にあったアルの扉を通って戻ってこられたのです。
大佐はこの方法が使えないと言ったのは大佐の場合視力の代価に自分の扉を渡してしまったら戻る為の方法がないからです。