関東で、農作物の獣害対策で追い払いや捕獲をしています。先ずご質問の答えを先に申し上げれば、有害鳥獣捕獲で捕獲した野生動物は、通常、役場やJAに委託された捕獲隊（私もそうですが、たいていは地元猟友会員で構成されています）が殺処分します。ハクビシンなどは炭酸ガス、イノシシなどの大物は射殺になります。ハクビシンなどの場合、農業被害が関係なければ業者が捕獲し、殺処分していると思います。中には悪質で、捕獲したものを山に捨ててしまう業者もいるようですが・・・一度人に慣れた動物は、また里に下りてきて畑を荒らしたり、屋根裏に住み着いてまた業者に捕まるというようなやつもいます。かわいそうに思うかもしれませんが、野生動物にはヒトの怖さを教え込み、里に下りてはけないことを教えるしかありません。 ただ、われわれも捕殺を楽しんでやっているわけではなく、捕獲の前には農家さんと防除（畑に入れないようにする方法）を工夫したり、追い払いですむものは威嚇射撃などで追い払いをして学習させたり、わなで捕らえて学習放獣させたり、と、いろいろな方法を組み合わせています。実際、ただ捕獲だけしているよりそのほうが被害が減りますので。ただ、先述のとおり、ヒトになれてしまった個体はもうだめです。また、アライグマのように日本固有の生態系を乱すものもいます。アライグマに関しては、関西などでは業者が捕獲して、放獣したことで被害が拡大したといわれており、捕獲したら殺すしかないのが現状です。 かわいそうと思う気持ちはヒト固有の感情で（多分）、これがあるからヒトは力を持ったのに他の生物を殺しつくさないのだと思います。が、ヒトと野生動物が住み分けをし、お互いに幸せに暮らすために殺さなければいけないという面もあります。難しい問題ですが、今の段階ではこれしかないのではないかと思います。