おそらく若い方なんでしょうが、面白いことを考えましたね。こういうのを思考実験といい、実際の実験の前や、実現できないことを検証してみたりするのに行われます。 あなたが考えたこと（原子ってどうなっているのか調べたい)を多くの科学者が躍起になって調べていたのが２０世紀の量子力学の発展につながりました。その後相対論と…（ややこしい話になるので省略)。 量子力学研究の歴史的経緯を調べるのがまさにあなたがいうところの「ズーム｣にあたると思います。顕微鏡で見たわけではありませんが、多くの研究者たちが理論と実験を繰り返して今の原子の描像を作り上げています。見え方が切り替わるポイントがあったかもしれませんよ。 面白いページを見つけたので貼り付けておきます。 http://homepage3.nifty.com/oya2/physics/index.htm 年代ごとに書かれているので読みにくいですが、wikipediaなどを利用しながら読んでいってみるととても面白いと思います。 さらに興味を持ったら、書店に行って講談社ブルーバックスシリーズでも読んでみるといいかもしれません。わかりやすくするために説明がいい加減なところもありますが、読み物としては良くできているシリーズです。 さらに勉強したくなったら、理学部に入って勉強しましょう。