数量にもよりますね。
私は自分の本の在庫は基本残らないように作っていますので、在庫が残って困ることは殆どありませんが、宅配便のミスや、トラブルで頒布できない状態になってしまったもの(角折れや、キズ)は他の書籍と一書に自治体の資源ごみとして出しています。
内容によっては、資源ごみとして出しにくいもの(個人情報などが含まれる場合)もあるかもしれませんが、それはシュレッダーにかけて燃えるゴミとして処分しています。
何百冊にも及ぶ場合は、他の方が紹介している、エコサリオが良いと思いますよ。
送料がかかりますがきちんと処分していただけます。
書店委託を提案している方がおられますが、難しいと思います。
在庫として残っているものは発行後時間が経過しているものがほとんどでしょうから、今更扱って貰える確率は低いです。
そもそも、書店で引き受けてもらえるような本なら、処分に困るほど売れ残ることは稀かと思いますので。
最近発行の本で、イベント参加や同人活動を辞めるので、処分したい…というような状況であれば、書店に送って審査していただくのも良いかもしれません。