京については複数の問題点が挙げられます。 まず、プロジェクトの迷走が挙げられます。 10ペタフロップス級のスパコンを作ろうという国家プロジェクトが以前から走っており、京はその結果生まれたものです。しかし、プロジェクト自体の戦略・意義・目的が曖昧なまま進められ、迷走したことがコスト高を生んだ一つの原因のようです。 そもそも、当初は富士通が作るスカラ部とNECが作るベクトル部の2つでスパコンを構成するはずだったのですが、NECがどういうわけかプロジェクトから降りてしまい富士通のスカラ部だけで所定の性能を出さねばならなくなりました。その結果、想定よりもかなりの台数を並べなければならなくなり、コスト高となったようです。 また、プロジェクトでは国内企業の半導体製造技術を育て事が一つの目的となったため、海外の安い半導体製造会社を使わず、わざわざ富士通独自の最新鋭の45ナノメートルの半導体生産ラインを作りました。ここでスパコンのプロセッサを生産しました。しかし、最近の最新の半導体設備は膨大なコストがかかるためこれのせいで京はかなりのコスト高になってしまったようです。さらに、この半導体設備は京以外には結局使われなかったので、この投資は必要だったのか疑問が残ります。 また、スパコンの目的がはっきししていないため、目的に応じて設計を最適化してコストを削減する事があまりできなかったのではと思います。 コスト効率のよいマシンを設計する技術力が十分にあったかどうかも疑問が残ります。セコイアと比べると台数（ラック）あたりで約13倍の性能差があり、設計技術は明らかにセコイアの方が優れています。しかもセコイアの方が省電力です。プロジェクトの状況が違うとはいえ、この違いは大きすぎます。 最後に、天下りとかスパコン建屋の建築とか、いわゆるばら撒きがあったのではないでしょうか。セコイアがおよそ100ラックに対して京は800ラックもあるので、建物にはコストがかかったと思います。 まとめますと、日本は意図してコストパフォーマンスの悪いスパコンを目指しているわけではなく、国家戦略の欠如、技術力の欠如、組織の問題、などが総合的に組み合わさり結果としてコストがかさんでしまった、という事だと思います。