法人でしたら、決算日近くになると、税務署と都道府県税事務所、市役所から法人税申告書と納付書が同封で郵送されてきます（都内でしたら市役所はありません）。 税務署に法人税申告書を提出します。 売上1000万、経費1100万、利益△100万の課税所得を申告し、利益がマイナスので納税額も0円という申告をします。 納税額が0円ですので納付書は使いません。 都道府県、市町村についても同様の申告になりますが、税務署と違い均等割を記入する欄があります。 これは、たとえ利益がマイナスであっても納付すべき税金ですので、結果的に均等割のみを納付しますという旨の申告をそれぞれします（役所へ提出です）。 従って、同封されている納付書に均等割りの欄にだけ金額を記入して銀行で納税することになります。